Na activeren van 'Extra → Instellingen opslaan' worden alle FreeCommander-instellingen opgeslagen.

Het opslaan vindt plaats in de FreeCommander-configuratiemap. Via 'Extra → Instellingen → Programmastart'  kan de configuratiemap worden ingesteld en de momenteel gebruikte map worden afgelezen.

Als via 'Extra → Instellingen → Algemeen'  de optie 'Instellingen automatisch opslaan bij afsluiten' is aangevinkt, worden alle FreeCommander-instellingen bij het afsluiten van FreeCommander automatisch opgeslagen.

Via 'Extra → Back-up van alle instellingen maken...'  kunnen alle FreeCommander-instellingen (aanvullend) in een andere (reserve-)map worden opgeslagen.

Via 'Extra → Alle instellingen terugzetten...'  kunnen alle FreeCommander-instellingen vanuit de reservemap weer worden teruggezet.