Activando el punto del menú "Carpeta → Sincronizar" o mediante la combinación de teclas "Alt+S" aparece la ventana "Sincronizar".

Esta ventana contiene los siguientes elementos que serán descritos con detalle seguidamente:
Menú principal: Archivo
El punto del menú principal "Archivo" contiene las siguientes opciones:
Marcar en el panel activo
Tras activar este punto o usando la "Barra espaciadora" se marcará el elemento resaltado dentro del panel activo, reemplazando a cualquier otro que estuviese marcado anteriormente.
Marcar en el panel inactivo
Mediante este punto del menú o la combinación de teclas "Ctrl+Barra espaciadora" se marcará el elemento resaltado dentro del panel inactivo, reemplazando a cualquier otro que estuviese marcado anteriormente.
Ver
Tras activar el punto del menú "Ver" o mediante la tecla "F3" se mostrará el archivo resaltado usando el visor.
Vista rápida
Tras activar el punto del menú "Vista rápida" o la combinación de teclas "Ctrl+Q" se activará o desactivará la vista rápida.
En la vista rápida se mostrará el archivo resaltado marcado últimamente. La vista rápida puede configurarse en el punto de menú "Extras → Configuración → Mostrar → Visor de archivos" mediante el botón "Visor rápido".
Comparar archivos izquierdo y derecho
Tras activar el punto del menú "Comparar archivos izquierdo y derecho" o usando la combinación de teclas "Ctrl+Alt+V" se comparará el contenido que figura en la carpeta izquierda con el de la derecha. Ver Comparar archivos de texto.
Borrar
Tras activar el punto del menú "Borrar" los archivos marcados no solo desaparecerán de la lista sino que serán enviados a la papelera (tras confirmación).
Después de borrar se mostrará en las líneas vacías el icono "
".
Propiedades
Tras activar el punto del menú "Propiedades" o mediante la combinación de teclas "Alt+Enter" se abrirá la ventana standard de Windows "Propiedades" para los archivos resaltados (los últimos marcados).
El punto del menú principal "Editar" contiene las siguientes opciones:
Seleccionar todos los archivos
Mediante este punto del menú o la combinación de teclas "Ctrl+A" serán marcados todos los archivos de la lista.
Invertir la selección
Usando este punto del menú o la tecla "x" en el teclado numérico se desmarcarán en la lista todos los archivos marcados y se marcarán todos los desmarcados.
Copiar nombre como texto
Mediante este punto del menú o usando la combinación de teclas "Mayús+Alt+Ins" se copiará el nombre de los archivos como texto al portapapeles.
Copiar ruta como texto
Este punto del menú o la combinación de teclas "Ctrl+Alt+Ins" permiten guardar en el portapapeles la ruta de los elementos marcados, como texto.
Copiar ruta y nombre como texto
Mediante este punto del menú o la combinación de teclas " Alt+Ins" se recogerán en el portapapeles la ruta y nombre de los elementos marcados.
Copiar ruta UNC y nombre como texto
Este punto del menú permite guardar la ruta UNC y el nombre del archivo como texto en el portapapeles.
El punto del menú principal "Comando" contiene los siguientes opciones:
Comparar
Mediante el punto del menú "Comparar", la combinación de teclas "Alt+C" o el botón "Comparar" en la pestaña "Archivos" se cargarán los archivos de ambas listas, se compararán y se mostrará después el resultado.
Sincronizar
Mediante el punto del menú "Sincronizar", la combinación de teclas "Alt+S", o el botón "Sincronizar" en la pestaña "Archivos" aparece el diálogo del mismo nombre desde el que se puede iniciar la sincronización.
El punto del menú principal "Opciones" contiene las siguientes:
Guardar historial
Mediante clic en este punto de menú puede activarse o desactivarse esta opción. Al activarla aparece una marca ante el punto de menú y el historial será guardado.
Activar primero la pestaña de perfiles
Mediante clic en este punto del menú puede activarse o desactivarse esta opción. Al activarla aparece una marca ante el punto de menú y la pestaña "Perfil" estará activa al sincronizar.
Comparar automáticamente al seleccionar perfil y abrir diálogo
Mediante clic en este punto del menú puede activarse o desactivarse esta opción. Al activarla aparece una marca ante el punto de menú y tras seleccionar un perfil se activará automáticamente el comando "Comparar".
Comparar automáticamente al cambiar de filtro
Mediante clic en este punto del menú puede activarse o desactivarse esta opción. Al activarla aparece una marca ante el punto de menú y tras seleccionar un perfil se activará automáticamente el comando "Comparar".
Usar colores de la ventana principal
Mediante clic en este punto del menú puede activarse o desactivarse esta opción. Al activarla aparece una marca ante el punto de menú y se utilizarán en ventana de sincronización los mismos colores del menú principal.
La pestaña "Archivos" contiene las siguientes funciones:
Comparar
Mediante el botón "Comparar", el punto del menú "Comando → Comparar", o la combinación de teclas "Alt+C" se cargarán los archivos marcados en ambas carpetas y se compararán conforme a los criterios marcados, mostrando después los resultados en la lista.
Sincronizar
Mediante el botón "Sincronizar", el punto del menú "Comando → Sincronizar", o la combinación de teclas "Alt+S" aparece el diálogo de "Sincronizar", desde el que se puede configurar y realizar la sincronización.
Cancelar
Mediante el botón "Cancelar" se cerrará la ventana sin realizar ningún cambio.
Los archivos que hayan sido borrados mediante el punto de menú "Comando → Borrar" no se recuperan.
Cuando al activar el botón "Cancelar" se está realizando una operación (por ejemplo comparar) la operación se interrumpe y la ventana se cerrará cuando se haga de nuevo clic sobre el mismo botón.
Incluir
Pueden escogerse las siguientes opciones:
Las opciones se aplicarán la próxima vez que se ejecute el comando "Comparar".
Comparar por
Permite las siguientes opciones:
Las opciones se aplicarán la próxima vez que se ejecute el comando "Comparar".
Comparar por fecha
Pueden escogerse las siguientes opciones:
Las opciones se aplicarán la próxima vez que se ejecute el comando "Comparar".
Mostrar
En este punto puede definirse el modo de mostrar los archivos según su estado para la copia. Solo se tendrán en cuenta al sincronizar los que nos sean iguales.
Las opciones son las siguientes:
Archivos que solo existen en el lado izquierdo y serán copiados al derecho.
Archivos que existen en las dos carpetas y serán copiados del lado izquierdo al derecho.
Archivos idénticos que no serán copiados.
Archivos que han sido reconocidos como diferentes pero no se ajustan a la estructura de sincronización. Si se desea copiarlos deberá hacerse manualmente.
Archivos que existen en ambas carpetas y se copiarán de derecha a izquierda.
Archivos que solo existen en la carpeta derecha y serán copiados a la izquierda.
Archivos retirados manualmente del proceso de copia.
Archivos cuyo estado no se pude determinar, y archivos borrados.
Mediante clic en un icono se activará o desactivará la sincronización de los archivos de ese grupo. Cuando el icono está activado se muestra dentro de un marco (por ejemplo
) y cuando no lo está aparece sin él (
).
Haciendo clic derecho en un icono de "Mostrar" se abre un menú con dos opciones:
En la pestaña "Filtro" pueden definirse los que se detallan seguidamente.

Filtro de archivos
Pueden definirse los siguientes filtros:
" en el campo "Incluir archivos" se muestra una lista de filtros utilizados en la que se puede escoger el que se desee para que aparezca en la ventana. Esto solo es posible si se está activada la opción de guardar el historial.
" en el campo "Incluir archivos" se muestra una lista de filtros utilizados en la que se puede escoger el que se desee para que aparezca en la ventana. Esto solo es posible si se está activada la opción de guardar el historial.Filtro de carpetas
Permite las siguientes opciones:
" en el campo "Incluir carpetas" se muestra una lista de filtros utilizados en la que se puede escoger el que se desee para que aparezca en la ventana. Esto solo es posible si se está activada la opción de guardar el historial.La exclusión de carpetas puede hacerse en alguno de los siguientes modos:
" en el campo "Incluir carpetas" se muestra una lista de filtros utilizados en la que se puede escoger el que se desee para que aparezca en la ventana. Esto solo es posible si se está activada la opción de guardar el historial.Color de la lista de archivos, si se definió un filtro
Se puede definir en esta pestaña un color de fondo para la lista, que se aplicará cuando esté activo cualquier filtro.
En la pestaña "Perfiles" pueden escogerse perfiles para la sincronización. En un perfil se almacena la configuración establecida desde las pestañas "Archivos" y "Filtro". Además se pueden almacenar opciones de sincronización.

Las opciones que aparecen son las siguientes:
Añadir la sincronización actual como nuevo perfil
Mediante el botón "
" o la combinación de teclas "Ins" se abre un menú con las siguientes opciones:
Renombrar perfil
Mediante el botón "
" o la combinación de teclas "F2" puede editarse el nombre del perfil resaltado en el campo de entrada.
Borrar perfil
Mediante el botón "
" se borrará el perfil resaltado sin ningún diálogo.
Mover hacia abajo
Mediante el botón "
" o la combinación de teclas "Ctrl+↓" el perfil resaltado se desplaza una línea hacia abajo.
Mover hacia arriba
Mediante el botón "
" o la combinación de teclas "Ctrl+↑" el perfil resaltado se desplaza una línea hacia arriba.
Aplicar el perfil marcado
Mediante el botón "
" o la tecla "Enter" se sobreescribirá el nombre del perfil en el campo de entrada usando el seleccionado.
Propiedades del perfil
Mediante el botón "
" se abre un ventana en la que pueden verse todos los puntos de configuración del perfil resaltado según se estableció desde las pestañas "Archivos" y "Filtro".
Definir opciones de sincronización
Mediante el botón "
" se abre el diálogo "Definir opciones de sincronización".

Las opciones son las siguientes:
")
")
")
")Listas de archivos
Desde el punto del menú "Carpeta → Sincronizar" o la combinación de teclas "Alt+S" en la ventana principal de FreeCommander se mostrará la pantalla de "Sincronizar" con dos ventanas en las que se muestran las listas de archivos a sincronizar.
La función "Comparar" lee todos los archivos de ambas carpetas y los compara. El resultado se mostrará en las listas de archivos, quedando al lado izquierdo los del panel izquierdo de la ventana principal y al lado derecho los del panel derecho. Los que tengan el mismo nombre se mostrarán en una línea sobre ambas listas. Cuando un archivo no esté en uno de los dos paneles la línea estará vacía en su lugar. En cada uno aparecerá el icono del estado de copia, que muestra lo que se hará con ese archivo al sincronizar.
Líneas
En cada línea de archivo se indica la ruta.
La carpeta actual puede cambiarse haciendo clic en el botón "
" del lado derecho, con lo que se abre el diálogo "Seleccionar carpeta". La nueva carpeta puede seleccionarse de uno de los modos siguientes:
" en el campo "Seleccionar carpeta" se puede seleccionar el nombre de una carpeta anteriormente utilizada para sobreescribir el contenido del campo de entrada de nombre.
" se abre el diálogo standard de "Buscar carpeta", en el que puede seleccionarse cualquier carpeta, con lo que su nombre sobreescribie al contenido del campo de entrada de nombre.Menú contextual
Haciendo clic derecho sobre un archivo de la lista aparece un menú contextual con las siguientes opciones:
", con lo que no serán tenidos en cuenta al sincronizar.
", y se copiarán a la derecha al sincronizar.
" y al sincronizar se copiarán de derecha a izquierda.
" pasan a ser "
", y los que tenían "
" pasan a "
".Esta opción permite marcar los archivos resaltados en el panel activo de FreeCommander como activos, reemplazando como tales a cualquier otro.
".Línea de estado
En la ventana de archivos se muestra en cifras el número de archivos según su estado de copia.

Se tienen en cuenta todos los filtros, la configuración y los cambios manuales realizados en ella. La única excepción son los que hayan sido excluídos usando los botones que aparecen bajo "Mostrar" en la misma ventana. Sin perjuicio de ello, en la sincronización se aplicarán a ellos los criterios marcados en la configuración de la misma.
El diálogo "Sincronizar" puede activarse desde el punto del menú "Comando → Sincronizar", la combinación de teclas "Alt+S", o el botón "Sincronizar" en la pestaña "Archivos".

En el diálogo de "Sincronizar" aparecen las siguientes opciones:
De izquierda a derecha
")
") De derecha a izquierda
")
") Encriptar al sincronizar con archivo comprimido
Esta opción aparece solo cuando existe en una de las dos carpetas un archivo comprimido.
Cuando está seleccionada el archivo comprimido se actualizará, debiendo darse previamente una contraseña y confirmarse la orden.
OK
Mediante el botón "OK" se inicia el proceso de sincronización con la configuración establecida.
Cancelar
Mediante el botón "Cancelar" se cierra la ventana si no se ha iniciado la sincronización. Si se hace uso de él durante la sincronización el proceso se interrumpe sin que se deshaga ninguno de los cambios ya realizados. La ventana solo se cerrará tras hacer nuevo clic en "Cancelar".