Con la función de mover de Windows

Cuando en el punto de menú "Extras → Configuración → Funciones carpeta/Archivo" en "Mover" se seleccionó "Usar Windows", al activar el punto del menú "Archivo → Mover con diálogo " o pulsar la tecla de función "F6" se abre el diálogo de "Mover" de Windows:



Fuente

La entrada "Fuente" distingue entre un elemento o varios:

En "Desde" se indica la carpeta de la que se moverán los archivos y carpetas marcados.

Destino

Esta opción se realiza incluso cuando en la carpeta de destino ya existe un archivo con el mismo nombre que el copiado. En tal caso se modificará el nombre del archivo de destino sin diálogo previo.Por ejemplo, si se mueve "FreeCommander.exe" llevará el nombre de "FreeCommander(2).exe". Si ya existiese "FreeCommander(2).exe" se llamaría "FreeCommander(3).exe", y así sucesivamente.