Mediante el punto del menú "Comparar" o la tecla "Alt+V" se puede comparar el contenido del panel izquierdo con el del derecho. No entra en la comparación el contenido de los archivos. Las diferencias se resaltan en color, en la forma que se haya escogido en el punto de menú Extras → Configuración → Comparar carpetas. Cuando se selecciona "Diálogo con opciones" aparece el siguiente:
