FreeCommander XE is een volledig nieuw ontwikkelde programmaversie.

De instellingen van FreeCommander XE zijn niet compatible met versie 2009.02b en kunnen niet worden overgezet.

Bij het installeren van FreeCommander XE moet een andere map dan de installatiemap van versie 2009.02b worden gekozen.

Het is evenwel mogelijk om beide versies op één computer (in verschillende mappen) te installeren en te gebruiken.