De positie van het bestandenboompaneel in het hoofdvenster van FreeCommander wordt in 'De programma-interface' aangegeven.

Via 'Beeld → Bestandenboompaneel' of de toetscombinatie 'Alt+T' wordt het bestandenboompaneel in-/uitgeschakeld. Bij een uitgeschakeld bestandenboompaneel staat voor '...→ Bestandenboompaneel' het pictogram   - bij een ingeschakeld  .

Waar en met welke instellingen het bestandenboompaneel wordt geopend, kan via 'Extra → Instellingen → Weergave → Bestanden-/Favorietenboom' worden ingesteld.

Tussen het actieve paneel en het bestandenboompaneel kan met de toetscombinatie 'Shift+Tab' worden gewisseld.