Via 'Extra → Instellingen → Weergave → Bestanden-/Favorietenboom' kan  in de tab 'Beheer' het volgende worden ingesteld:

Basismap

Deze instelling bepaalt welke map in de boom de bovenste is:

• Bureaublad
• Computer
• Station

Verborgen mappen tonen

Als deze optie is aangevinkt, worden mappen met het kenmerk 'verborgen' in de bestandenboom getoond.

De weergave van verborgen mappen in het paneel wordt via 'Bestanden-/mappenlijst' ingesteld ('Verborgen bestanden tonen').

Windows-archiefbestanden tonen (zip, cab)

Als deze optie is aangevinkt, worden Windows-archiefbestanden (bestanden met de extensies '.zip' en '.cab' weergegeven.

Koppeling naar mappen tonen (lnk)

Als deze optie is aangevinkt, worden koppelingen (*.lnk) naar mappen in de bestandenboom weergegeven.

Alleen verwisselbare stations met schijf tonen

Als deze optie is aangevinkt, worden verwisselbare stations alleen weergegeven, wanneer een medium aanwezig is.

Overlaypictogrammen tonen (SVN)

Als deze optie is aangevinkt, wordt de SVN-status van bestanden en mappen als pictogram weergegeven. SVN-programma's beheren versies van (programma-)bestanden en mappen (SVN = Subversion).

Boomstructuurlijnen weergeven

Als deze optie is aangevinkt, worden in de grafische boomweergave verbindingslijnen weergegeven om de niveaus beter in beeld te brengen.

Geselecteerde node automatisch zichtbaar maken

Als deze optie is aangevinkt, wordt het op het beeldscherm zichtbare deel van de boom zo verschoven, dat het in het paneel gemarkeerde item (bestand/map) zichtbaar is.

Automatisch uitvouwen bij muisklik

Als deze optie is aangevinkt, kan een boomniveau met submappen door een enkele klik uitgevouwen worden (standaard is dubbelklikken nodig).

Mapwisselingen in het actieve paneel volgen

Als deze optie is aangevinkt en in het actieve paneel van map wordt gewisseld, wordt deze in de boom automatisch gemarkeerd.

Uitgevouwen nodes behouden, als de boom per tab is gedefinieerd

Als deze optie is aangevinkt en een boom per tab is gedefinieerd, blijven bij tab-wisseling alle geopende nodes in elke boom geopend.

Favorieten openen in een nieuwe tab

Als deze optie is aangevinkt en in de favorietenboom (via klikken/dubbelklikken) een map wordt geopend, wordt deze automatisch in een nieuwe tab van het actieve paneel geopend.

Favorieten openen met een enkele klik

Als deze optie is aangevinkt, wordt door een enkele klik op een favoriet in het favorietenboompaneel deze favoriet in het actieve paneel geopend.